NSS要员金贤俊死亡后，因参与IRIS的间谍活动而被捕的前NSS局长白山被监禁在孤立的岛屿上。由张赫所饰演的郑有健原是一名警察，因参与一项剿匪活动立功，被NSS相中，继而成为NSS要员。在训练了一年后，有健成为了训练教官，负责训练池秀妍(李多海饰)、徐贤宇(尹斗俊饰)等其他要员。另一边厢，柳中元(李凡秀饰)原是北韩特务，如今生活于柬埔寨。金妍华(林秀香饰)是IRIS要员，力邀柳中元帮她，一起合作完成一个任务。柳中元起初不为所动，最后勉强答应了。NSS，郑有健如今的职务为TF-A队长。NSS新来的副局长崔敏(吴妍秀饰)，外表精明能干。IRIS要员RAY与其手下霸占了一架NSS的直升机，降落在囚困白山的荒岛上，并成功的把白山了出来。但是白山却在半空中选择跳海离开IRIS。NSS接到通知指白山被劫走了后，立即派TF-A队到该荒岛去救援。白山跳海离开直升机后上了岸，劫持秀妍威胁有健不得伤害他的人身安全。有健当机立断让狙击手贤宇除掉白山，但是却打中了秀妍的肩膀。NSS最终把白山抓回了NSS总部，并拷问他。NSS决定由TF-A队把白山移去郊区的基地KC。白山要求NSS每天都提供报纸。由RAY带领的IRIS要员包括了妍华闯进了基地KC。朴室长和有健护送白山的离去。最后，因为朴室长的牺牲而得以保全有健和白山的性命。

　　秀妍在医院疗伤，崔敏去探望她，让她好好休息。有健劝秀妍退出NSS，秀妍认为自己负荷得来。秀妍归队NSS。崔敏和郑有健开始对NSS内部存有奸细产生怀疑。秀妍开导因失误打中秀妍而内疚不已的贤宇，最终贤宇得以原谅自己。白山要求见有健。因有健拼死救了白山的性命，白山决定透露IRIS的情报当作报答有健的救命之恩。即将在匈牙利举行的南北韩高层会谈将会发生大事，即IRIS将发动攻击，但不知目标是南韩、北韩，或两者皆是，让有健留意。匈牙利，几乎全NSS倾巢而出，为了保护南韩代表团。另一方面，妍华和中元也都抵达匈牙利。贤宇在街道上闲逛时发现了RAY的踪影，于是贤宇跟踪他。

　　贤宇、有健和秀妍趁空档到镇上咖啡店喝咖啡。贤宇先行离去，无意间发现RAY的踪影，便跟踪他，最后却意外跟丢了。有健和秀妍则到处溜达。晚上回到酒店时，贤宇向有健表达了自己看到RAY的担忧。南北韩正式会谈终于开始了。另一方面，南北韩共同举办了晚宴，崔敏盛装打扮。金妍华除掉了服务员MEI，并以MEI的身份混入晚宴会场。妍华在会场上故意泼了些酒在北韩代表权衡泰身上，并以此为借口，帮权衡泰清洗衬衫后，亲自送到他的房间。贤宇骇进酒店服务员名单，发现名单上的MEI和在会场上的MEI不是同一人。权衡泰的警卫官朴哲荣接到消息指MEI在权衡泰房间里时，认为不妥，并赶到权衡泰的房间。然而当他抵达时，权衡泰已被妍华掐死了。朴哲荣下令无条件得抓到妍华。权衡泰房间里发生的枪战惊动了NSS，有健追捕妍华。妍华逃脱后，驾车离开酒店，却被当地警察追捕，好不容易摆脱那些警察后，却又被另一些警察缠上，最终被警察包围到一条桥上。妍华看似要投降，其实是在等待柳中元的救援。柳中元驾驶一条船，刚好接到从桥上一跃而下的妍华，两人成功逃脱。两人上岸后躲到一栋建筑物内，在后紧追不舍的有健和秀妍也追到此地。一番恶斗后，秀妍抓到了妍华。有健把妍华交给朴哲荣让他处理。中元试图营救妍华不果。有健突然想起白山的话"目标可能是南韩、北韩、或两者皆是"，意识到南韩代表赵明浩可能也身处险境，立即赶回去保护赵明浩。不料，IRIS果真对赵明浩发动攻击。混乱中，秀妍与赵明浩均中弹。秀妍不死心，拿起身边的长枪对敌人开枪，打中了敌人的眼睛。

　　在与IRIS的枪战中，赵明浩代表受伤。有健及时出手救下秀妍。青瓦台内总统与崔敏三人开会，提及白山事前的警告，NSS局长在此时建议将NSS的技能融入国情局。有健与白山会面，两人达成交易。在有健将离开时白山提醒小心Ray。崔敏告诉有健因为匈牙利事件，局长或许会选择有健进行处罚。妍华在北边遭受酷刑。柳钟元回到柬埔寨。秀妍思及匈牙利枪战一幕内心难安，崔敏用亲身经历安慰。有健遭停职带秀妍去海边散心。贤宇被派至柬埔寨要求带回柳钟元，一番周折后贤宇将柳钟元抓获关在酒店内，却在第二日大意被柳钟元逃脱，还丢失了电脑硬盘，逃脱后的柳钟元又遇朴哲荣被带回北韩。崔敏欲与白山联手遭拒，白山忆起过往，博士对贤俊表达了对崔敏的看法，觉得她身上有原来白山的影子。有健将戒指放入套娃中交给秀妍，开心的秀妍不曾打开放置家中便随有健出游。两人在海边快乐散心，夜晚酒店内两人关系更进一步。两人回到有健的老家探望有健妈妈和鹤京大叔，有健在探望鹤京的路上遇见了Ray，又是一番遭遇战，鹤京大叔被杀害，有健找到一本日记，意外发现鹤京大叔写下的关于白山的话。疑女秘书是NSS内部奸细。柳钟元被带到遭受拷打的妍华面前，苦劝执迷不悟的妍华。有健母子将鹤京大叔的骨灰放置骨灰龛，有健复职。秀妍感觉持枪的右手出了问题。有健以找出内鬼的理由得到了崔敏的保安密码借此查看了白山的档案，却在查看中与另一人不期而遇，他遇见的会是谁呢?

　　柳建在主服务器室里遇到了局长的秘书李秀珍室长，柳建以替副局长办事为由才进入服务器室，李秀珍室长说为局长办事。贤宇发现秀妍的右手连笔都拿不好了。柳建跟白山见面问询他在NSS里和IRIS接触的过程，白山说在那个过程中失去了最爱的女人，很奇怪跟别人不会说的话都能跟柳建说，但是柳建却觉得是白山杀害了自己的父亲柳尚俊，白山回忆起来以前在做任务是无意遇到的女孩成为了恋人。

　　柳建和崔敏商量准备用白山作为诱饵引IRIS上钩，他们俩瞒过所有人，连局长也不告诉。柳建向白山打听河在龙，白山却早就知道那个人已经死了，柳建说如果自己早点到也许会阻止他的死亡，但是白山说只要成为IRIS消除的对象，他的人生就已经结束了。李秀珍室长偷了局长的钱夹复制出了局长的工作证件。妍华想要硬拼出去，却被钟元给劝下。NSS派了两个专员尹时赫和宋钟斌保护赵明浩，崔敏不仅不阻拦赵明浩的意愿，还支持赵明浩的选择。崔敏向柳建讲述了自己为什么一定要追查IRIS的原因，原来是自己最爱的人都是因为IRIS而离开自己的。妍华向钟元讲述了自己的家人如何离世的，所以自己才想要脱北加入IRIS而报仇的。贤宇帮助秀妍射击，秀妍终于成功克制住了手抖射击成功了，两人高兴地抱在一起。

　　开始转移白山的行动，为了诱惑IRIS，真正的白山被掉包，NSS分成两路运输假的白山来引出IRIS，但是却被李秀珍室长用复制的局长证件潜入到主服务器室追踪到了柳建的位置。在与IRIS的正面枪战中，柳建脑中枪，而尸体却被IRIS的头目RAY带走。钟元告诉朴哲荣誉IRIS练习是要在各种报纸上面找寻暗号的，刘哲荣方面也收到了柳建失踪的消息。秀妍一直失魂的站在柳建消失的地方，崔敏来到现场，察觉秀妍的不对劲，询问贤宇秀妍和柳建不仅仅是同事的关系?贤宇承认。A组觉得肯定是内部有内鬼才找到了柳建他们的正确位置，在找寻内鬼的同事一直在追查带走柳建的车辆。一方面在逃亡的飞机上RAY正在命人全力抢救柳建……

　　A组查到在作战期间追查过柳建的人是局长，决定先报告给副局长。尸检采集了现场的遗留物品判定柳建当场已经死亡。秀妍到柳建家发现了留言正在查白山和父亲的事情，觉得肯定有自己不知道的事情。尹时赫和宋钟斌到酒吧查到了局长和李秀珍室长当天在一起的视频，A组发现是李秀珍复制了局长的证件。

　　决定先逮捕李秀珍。RAY已经命李秀珍删除电脑已经电话信息，李秀珍跟RAY打听了柳建已经死亡的消息，NSS抓获了李秀珍，但是李秀珍却什么都不说，秀妍来到审问时问李秀珍柳建的情况，而且气急的用枪打了李秀珍的腿，李秀珍告诉秀妍郑柳建已经死了。妍华决定帮助北边在报纸上刊登暗号，等待IRIS的回复。秀妍去见白山，白山说柳建肯定还活着，IRIS既然带走了柳建就肯定会让他活着。崔敏因为此次事件抓住了局长的把柄，使得局长不得不和自己一伙，崔敏决定NSS要正面面对IRIS，并且命池秀妍代替柳建成为A组队长。白山告诉崔敏IRIS要找到他的理由是因为他知道首尔周边藏起来的五个核武器的地点。白山想起了自己年轻的时候因为自己心爱的女人和孩子离世，从此自己改了名字成为了白山开始新生活。但是白山却不知道原来自己的女人和孩子都活着，但是却以为他死了，孩子也随了母亲的姓，原来白山就是郑柳建死去的父亲柳尚俊。秀妍决定搬到柳建家去住。9个月后，秀妍不顾自己的安全拼命的执行任务，大家都觉得秀妍现在像个怪物一样在工作。

　　秀妍自己在喝酒，贤宇来陪秀妍，两人聊起了柳建，贤宇问他柳建最后跟他通话的时候没有说什么特别的话吗?秀妍想起来柳建让她打开套娃的话，回到家后打开套娃看到戒指和柳建写着我爱你的字条，泪流满面。在日本秋天，柳建原来被IRIS抢救过来成为了帮助IRIS做事的人，柳建失去了所有的记忆，生活在一户人家里过的很愉快。但是杀完人柳建老是做恶梦。RAY来日本找柳建一起喝酒聊天。IRIS终于给妍华回信。秀妍在柳建妈妈家发现了河在龙留下的日记本。

　　秀妍看到日记本里的内容，带着笔记本先行离开。因为和RAY聊天的时候显示出烦躁的柳建，RAY怕他有恢复记忆的倾向，等他睡着派人对他进行了脑部检查，发现无任何变化。秀妍仔细阅读了日记本的内容，开始要寻找柳建没有找到的白山杀害柳尚俊的证据。贤宇为了让秀妍缓解心情，带秀妍来到游乐园玩，两人玩的很开心，秀妍也难得的明朗的吃着饭，贤宇跟秀妍说没有鱼能不能用虾来替，我身边的位置可以为你留着，秀妍谢谢贤宇为她费心，说没有这么帅的虾，两人愉快的吃着饭。

　　NSS发现北边朴哲荣和刘钟元和妍华出境前往日，贤宇决定找到他们的行踪到日本追击。在日本作为IRIS手下的柳建以Ken的身份生活着，Ray派人刺激柳建的身手，使得他恢复到以前的身手，完成接下来的任务。NSS觉得朴哲荣就是刘钟元和妍华的幕后指使，贤宇、秀妍和时赫一起来到日本追查，妍华和IRIS约好明日见面，但是Ken已经埋伏在了朴哲荣的房间里，朴哲荣认出了柳建，与他对话，Ray却让柳建杀了朴哲荣，朴哲荣叫着柳建的名字，使得柳建心绪混乱，无法开枪，哲荣趁机跳进了海里。Ken问Ray郑柳建是谁，Ray骗柳建说敌人只是用这招来干扰你。Ray的手下迷昏了所有人，带出了妍华，在酒店门口，柳建开车接Ray把妍华带上，结果与开车来酒店的秀妍和贤宇擦车而过。

　　贤宇秀妍和时赫在酒店准备接近朴哲荣等人，却在走廊碰到昏迷醒来的钟元和北边要员，贤宇追击钟元，秀妍追击另外一个人，时赫准备追朴哲荣但是发现房间已经空了，就跑出来帮助贤宇，但是两人却不敌钟元，被钟元逃跑，秀妍也没有追上北边要员。NSS在日方提供的监控录像里发现了妍华是被一个人带走，朴哲荣是被一个男人用枪抵着出了酒店，秀妍看着监控录像上男子的背影，猜想着这男人到底是谁，回程的路上秀妍一直看着这段视频。秀妍让日本方面查找当天是否有单身男子登记入住。李秀珍向秀妍透露IRIS在日本的安全屋。秀妍找到白山想要从白山空中知道些关于柳尚俊的信息，白山有些动摇但是却还是绝口不提。日本方面反馈了当日有个叫Ken的单身男子入住了朴哲荣对面的房间。

　　秀妍一直拿那个男子的背影和柳建对比对，秀妍决定再亲自去一趟日本。柳建总是对朴哲荣的话想象，Ray告诉他不要被敌人的话动摇，马上会开始新的任务。朴哲荣受伤回到避难地，钟元已经在那里，哲荣告诉钟元看到了不记得他的郑柳建，他也是帮助IRIS做事的人。

　　哲荣决定先联系共和国然后找到妍华，但是钟元却举枪杀了哲荣，并且取走了哲荣的徽章。钟元载着北边要员，北边要员给钟元听取哲荣中枪前的通话内容，钟元装着根本没遇到过哲荣，在北边要员面前演戏，北边要员却给了钟元是哲荣让出事的时候给钟元的皇家银行个人金库的钥匙。

　　柳建总是能想起过去的片段，能看到女人回头看他，却看不清那女人的脸，他再次踏上了执行任务的道路。钟元在澳门开启了金库，里面有很多钱、各种护照、手机、枪支以及一个芯片。IRIS收拾东西准备离开，Ray交代不许让Ken知道任务的最终目标。Ken再次向Ray确定听到的信息，Ray依然骗柳建说以前他在NSS做过双重间谍，身份败露，救他的时候受了枪伤，失去了记忆。秀妍到达日本开始听贤宇在总控室里的指挥查找IRIS的安全屋，秀妍达到的时候刚好IRIS的车辆离开，秀妍在他们车上安装了追踪器，秀妍在空屋里查看的时候碰到一个IRIS的人，把他制服之后他却吞药自刎了。Ray发现车上的追踪器扔掉了。

　　秀妍到酒店查找Ken，服务台小姐认出秀妍拿着的照片是一个旅馆的长住客人，秀妍找到旅馆跟女主人打听，但是女主人看到柳建的照片却说是第一次见这个人，女主人也是帮IRIS做事的人。钟元功成再次回到北边，被授予重要职位和任务。秀妍向白山说在日本发现一个叫Ken的男人的信息，问白山知道吗，白山判定赵明浩会有危险，秀妍说自己觉得Ken就是柳建，白山告诉她有时候相信本能可能会好一些。NSS开始24小时保护要会谈的赵明浩，贤宇和秀妍一起去寻看现场，贤宇给秀妍买了礼物想要送给她，却发现秀妍有戒指戴在手上，问她什么时候开始戴戒指的，秀妍说是柳建送给她的，但是却没给送礼物的人看过戴着的样子，人不在身边了才知道他的可贵，贤宇听了没有把礼物送给秀妍。

　　贤宇把礼物打包挂在了秀妍的车上，留言让秀妍加油。秀妍和贤宇一起出去办事，秀妍吃着贤宇送的吃的，车上挂着贤宇送的项链，贤宇看到了很高兴。崔敏要求白山告诉自己核武器的地点，白山却要求要个崔敏两人单独前往。Ray带着IRIS巡查准备作战，但是却一直不告诉Ken他要做什么，Ken觉得自己不知道为什么在这，Ray告诉他有单独的任务给他，就是让他杀死北边的代表。秀妍一直在确认现场的一切，很疲惫，贤宇看了很心疼，问她几日没睡了，劝她不要老是自己做，也信任下大家，秀妍终于沐浴休息。钟元代表北边执行此次大会的任务，他像上级要求给他更高的特权……

　　刘中元代表北边执行此次大会的任务。自导枪击案，NSS不幸落入圈套。有健接受命令，秘密潜伏酒店内部，凭本能躲避cctv的监控，顺利的转移了北边的会议要员。在Ray的谈话中，得知有健是白山之子，白山和柳尚俊本是一人。池秀妍尾随嫌疑犯，没有想到嫌疑犯竟是郑有健，昔日恋人再次重逢。两人持枪相对，秀妍含着眼泪叫了声“哥哥”。有健能否恢复记忆，还是会对秀妍痛下杀手?

　　秀妍和有健持枪相对，记忆混乱的有健不记得秀妍，竟毫不犹豫的对秀妍开枪。接下来有健被混乱的记忆所困扰，有健终于重获记忆，往事历历在目，不禁咆哮大哭。IRIS得知有健重获记忆，命令女特务将其秘密暗杀，日久生情的女特务不忍心下手，让有健赶紧逃亡。IRIS成员在雪上搜捕郑有健，经历了一场亡命雪地飞车枪战。遗憾的是有健还是没有逃出魔掌，接下来IRIS对有健会做出什么样的的处罚?

　　NSS收到IRIS发来的视频，有健性命垂危，IRIS要求与NSS做人质交换，要求NSS交出白山。秀妍拜访刘尚哲，经过推理得知白山的真实身份。为了救出有健，秀妍对白山说出了真相，郑有健是白山的儿子。白山得知妻子和儿子还在人世的消息很震惊，决意制定救子计划。在有健的挑拨下。金妍华得知自己一直是被心爱的男人Ray所利用，起了内讧，恩爱成恨酒中下毒欲杀死Ray。

　　白山在交换人质的时候跳船逃跑，有建回到NSS之后，表面上没有被怎么样，但实际已经在他房里安了监听设备，不过英勇神武的郑SIR怎么可能会被这种雕虫小技给弄倒。秀妍说谢谢你能回来。NSS全力追查刘中元和白山的下落。妍华又跟刘中元在一起了，刘中元很想拉拢妍华跟自己一起谋事，但妍华像是还是有怀疑。

　　失而复得了记忆的郑有建给妈妈郑智瑛打电话未通，担心之下前去找寻，却意外见到白山和妈妈在一起，郑有建的突然出现使得双方都很忐忑。有建在妈妈告知白山是自己父亲后，刚恢复记忆没多久的大脑变得更加混乱，蓦地，枪声响起。因为白山体内有NSS偷偷注射的可以追踪位置的药液，崔敏在明知他位置的情况下依旧让NSS的B队继续查找白山的下落。

　　ray以自己人生保障为条件提出要和Mr.black接触，NSS得知这个提案后按照Ray指示的场所移动，但是秀研感觉到好像哪里不对劲，在到达地附近的NSS来了一个电话，是刘中原。NSS中了陷阱，但是，柳健潜入了正和NSS对峙的刘中原所在地，另一方面白山告诉了崔敏曾约定的关于核去向的情报。

　　吴贤圭室长接到崔敏的紧急号召，在一天晚上来到国防科学研究所，在此前崔敏拿出了从白山那转交得到的核设施，吴贤桂室长很是震惊。一方面，柳健对泰熙的行迹进行追踪，找到了刘中元的总部(秘密联络处)，但与此同时，不知从谁那里收到信息的刘中元知道自己的总部被泄露，急忙准备离开。

　　NSS内部间谍嫌疑人贤宇和时赫被指控的过程中，那个谁也无法相信的状况继续发生。贤宇对比起任何人让秀研不相信自己这一事实感到很难过。一方面柳健在国家记录院里找到了第4共和国当时核开发和有关白山的任务的记录，同时也获得了Mr.black真实身份的线索，中元也为了抓住白山设下圈套。

　　郑柳建脑中的子弹碎片导致人格的变化，不仅不考虑到精炼状态。他在自己的支配的中原爆炸时产生。郑柳建一直固执地努力找出中原的根据点,他用什么方法能找到中原的一行森严地分布的危险地带。

　　总统要把大韩民国建成核拥有国，决定和世界上屈指可数的防卫产业体cainon联手，而且准备和cainon的会长Ansaeny会面。最终中元从black那得到将要见面的人的联系方式，并向新的地方移动。在那里等待他们的竟然是时赫!一方面秀研对受伤的贤宇怀疑他是间谍一事很对不起，那时，贤宇接到了从时赫那打来的电话。

　　收到mr.要夺取核武器的指示的中远。NSS开始进入紧急状态，妍花也担心病情恶化的，秀妍和柳健在长椅上谈时赫和贤宇的事情，贤宇坐在远处的椅子上，妍华坐在车里。秀妍问柳健怎么样，妍华怎么回事?能相信她吗?柳健说我没事，她是为了帮我对付刘中元的，如果没有我她大概也是没有地方可去的孩子。 柳健跟秀妍说让她用NSS的服务器查一下硬盘的东西，等到抓到刘中元之后再跟她详述.

　　中元和核武器一起消失了，同时也将追踪信号切断。柳建和秀妍尝试推测中元会在哪里设置核爆炸。哲涣对柳建介入作战抱有积极的态度，并指示追赶中元，NSS冲入对柳建的特殊搜查。