烟波岛上，发生了渔民失踪事件。晚上值班的渔民老林遇到了黑色黏液，从渔船消失。伴随老林的消失，一名神秘女孩进入了小镇。第二天，岛上的学生付君浩、张宇轩和游尚杰，偶遇了在地上挣扎的女孩，付君浩关心女孩，女孩却跑开了。

　　付君浩三人追着女孩来到枯井边，女孩不见踪影，却发现井里有怪声。随后目睹了一条沾满黑色粘液的鱼从井中蹦出。地理课上，沙拉正在讲关于环境保护的内容，付君浩提出一起去渔船。

　　晚上，付君浩等三人来到渔船，三人发现了神秘女孩躲在船上。付君浩出于好心，将女孩带回家中，只得将女孩收留在家中，女孩一个人在房间的时候，突然表情变得很奇异。此时，游尚杰在独自回家途中，遭遇“黑色黏液”袭击，消失的无影无踪。

　　渔船上出现了一伙神秘人，称有变异生物并报告发现了博士的衣服碎片，杜先生变得严肃。夜晚，留宿付君浩家的女孩噩梦惊醒。付君浩将自己的随身听给女孩，安慰女孩睡下。

　　翌日，付、张二人来到学校，被告知游尚杰失踪。码头上，居民沙建质问老林的下落，和渔船公司老板的儿子苏民绪发生冲突。沙建离开，而暗中已有神秘人盯上了沙建。

　　此时，杜先生在一个铁门前，手下在洞中发现了“试剂样本。” 付、张两人放学来到游尚杰家询问，碰到游尚杰离异父母争吵。两人离开，来到游尚杰失踪地点探查，付君浩的球鞋踩到了黑色粘液。

　　此时，留在付君浩家中的女孩，整理了房间。付君浩奶奶回家，听到声音，上楼查看。二楼女孩表情变得奇异，付奶奶似乎有危险。

　　杜先生的手下将试剂送出。付、张二人回家，发现空无一人。奶奶买了吃的给女孩，以为是付君浩惹事。付君浩解释后，再次寻找阿杰，结果被女孩看到鞋上黏液对其很感兴趣。

　　沙建在外，遇到妹妹沙拉被问是否打架。沙建否认离开。随后，遭到神秘人的埋伏。翌日，付、张二人带女孩来到踩黏液处，女孩发现元件，开始找阿杰。

　　沙建醒来认为被苏民绪暗算，找其报复，两人打架时，沙拉阻止了冲突。苏民绪回去后气愤不已，说要报复，被父亲苏万三阻止。沙拉家，二人争执，沙拉希望哥哥别惹事，沙建认为自己伸张正义。

　　二人和好后，沙建离开。晚上，三人寻找无果，张宇轩看到女孩的奇异表情。沙建路过了枯井，当他上前查看，井口冒出“黑色黏液”，沙建消失。

　　付、张二人商量去学校实验室，研究黏液。女孩也提出同去。杜先生来到基地，科研人员陈博士，说之前带出来的试剂有问题。杜先生对着墙上女孩的照片恼怒，指派手下在小镇寻找。

　　翌日，付君浩给女孩取名“林小舟”，带女孩去学校。在学校，遇到张宇轩反对女孩参与。此时三人遇到了请假去找哥哥的沙老师，差点露馅而后被付君浩搪塞过去了。

　　阿杰父亲游大海，因为把阿杰骂出了家，十分自责。在查看阿杰书桌时发现了日记，日记中提到以前的幸福时光，日记里提到会去海边，游大海赶往海边寻找。

　　在学校实验室里，付、张二人看不出黑色黏液，但小舟对这些器物十分熟悉，开始娴熟的操作，画出了黑色黏液的细胞图。看着细胞图，她想起了什么，突然一阵头疼。

　　小舟听着付君浩的随身听渐渐平复。在码头，苏民绪遇到问题，小陈说发现赤潮影响了环境和产量。他不知所措时，发现有可疑人在卸货，为首的是杜先生。随后，付君浩等人来到图书馆。

　　码头上，可疑人搬货，和渔民冲突，苏民绪出现，却被撞击。苏民绪骑着摩托车追上，遇到沙拉，沙拉跟上苏民绪。苏民绪追击却被甩，又被沙拉拦住。

　　苏民绪被问说是否找沙建麻烦时，杜先生再次撞击，在苏民绪快要被撞时，沙拉救了苏民绪，沙拉看见了刀疤男，怀疑与哥哥有关，骑上摩托追击。

　　沙拉追击到一半，摩托车坏了，沙拉打动了苏民绪。苏民绪讨好沙拉，结果被沙拉指责。图书馆，小舟发现镜下细胞图和赤潮藻相似又有区别。随后，小舟将一本书偷走，正好被张宇轩看见。

　　图书馆，张宇轩质问小舟，被付君浩阻止，张宇轩气愤离开。沙拉家楼下，苏民绪找到沙拉，说那伙人的情况，可以帮助她找哥哥，二人约定第二天去码头查线索。

　　付君浩家中，付君浩把随身听送给小舟，俩人发展友谊。翌日，苏民绪带沙拉来到办公室，查货运清单，发现杜先生那批货物没有记录。当两人奇怪时，渔民俞婶找上门把昨天捡到的有标识的物件给苏民绪。

　　苏沙二人来到图书馆，查到物件标识属于岛外的 “岦通集团”，二人决定去岛外查此事，结果被戴帽男盯上。学校里，张宇轩说自己的怀疑，付君浩回家看到小舟藏的那本书，上面是付君浩看不懂的东西。付君浩对小舟产生了怀疑。晚上，沙拉回家，结果晕倒。房门被打开，两个身穿防护服的人出现在门口。

　　夜晚，小舟溜出家门，前往图书馆。却被付张二人，偷偷跟踪。杜先生手下闯入沙拉家，拿走沙拉查到的资料，临走前打开煤气。小舟被拦截。杜先生自称杜守故，似乎认识她。

　　小舟一脸茫然。杜守故想带她走，付君浩想救人，却被打倒。这时，从井中传来怪声，“黑色黏液”冒出，卷走了一人。杜守故惊慌，下令撤退。而小舟则遭到“黑色黏液”的袭击。

　　这时，小舟举起流血的手，黑色生物退回了井口去了。付张二人刚好看到这一幕。黑色黏液退去，付君浩质问小舟。面对质疑，她无法为自己辩解，只得逃走。

　　苏民绪前去讨好沙拉，发现沙拉家煤气泄露。苏民绪抱起沙拉赶往医院，沙拉生死未卜。寻找儿子的游大海，在海边发现了儿子的衣物，以为儿子溺死，大声哭泣。

　　寻找了一宿未果的付张二人，来到海边，遇到在海边打捞的人。二人也认为阿杰遇难，十分伤心。医院里，沙拉经过抢救苏醒过来。苏民绪守在沙拉的身边。

　　沙拉十分感动，苏民绪表白，沙拉拒绝了他。苏民绪十分郁闷，离开病房，结果在楼下遇到了带人过来的父亲苏万三，苏万三二话不说就让人把苏民绪带走了。在他们身后，两个杜守故的手下则进入了医院。

　　小舟在小镇游荡，经过她和付君浩初次相遇的爆米花摊，十分感慨。她想搞清事实真相，找回记忆。来到昨晚“黑色黏液”出没的枯井，利用绳索跳入枯井。

　　发现枯井下面连通着地下通道，小舟走入通道深处。游大海十分自责，在家中听到以前买给儿子的电台发出的声音，他拿起电台调试，冒出了儿子的呼救声。

　　游大海请来民警老李，但无法让电台发声，他坚持儿子在呼救，老李和赶来的奶奶只得安慰他。付奶奶说了自己在游大海家的见闻，付张两人认为不是游大海听错了，是真的阿杰求救。

　　两人赶到游大海家，付君浩拿出元件，劝说游大海修理电台。沙拉准备出院，被伪装成医生的杜守故手下带走。在码头，苏万三把儿子锁进宿舍，并把他的通讯物品没收。

　　游大海家，付君浩等人修理好了电台，听到了阿杰的呼救。随后他们决定前往枯井查看去找阿杰。晚上，苏民绪说服俞婶把他放出来，并来到办公室拿回被没收的东西去找沙拉。

　　此时苏万三和小陈回来，谈话中苏民绪听到他们和杜守故有来往，沙拉落入了那伙人手中。苏民绪和父亲对质，拿走了装有他们交易的证据。

　　付君浩等人发现枯井被封。三人来到荒村，发现了洞口，找到了阿杰的文具盒。“黑色黏液”出现，游大海冲向黏液。“黑色黏液”逼近付张两人，小舟救了他们。

　　之前，小舟捡到笔记本，使她回忆起自己有抗体，所以“黑色黏液”害怕小舟。杜守故出现，三人被抓。另一边，苏民绪连夜赶往基地。在入口处，发现了杜守故手下。通道里，杜守故问小舟试剂的事情，她并不知道。

　　杜守故拿出一张有两个样貌一样的女孩合影。小舟看到后，想起自己叫辛蕊，和姐姐辛灵是双胞胎，从小为岦通集团研究试剂，试剂废液污染严重，会引起赤潮，导致赤潮藻变异。

　　辛灵劝辛蕊放弃，辛蕊不听，导致变异生物产生。为救妹妹，辛灵把抗体注射给辛蕊，自己冲向 “黑色黏液”。

　　辛蕊，为见到姐姐，答应杜守故去拿资料软盘。付张二人则当挡箭牌。另一边，苏民绪潜入基地找沙拉。找到她后，他们打晕看守，在追击下来到大铁门处。辛蕊带众人来到被袭击后的实验室，大家四处找软盘。

　　付君浩偷拿出刀片解绑。原来，辛蕊偷把刀片塞给付君浩。她为了保护付张二人，假装变坏。苏沙二人在追击下打开铁门，进入通道。沙拉问苏民绪为什么救她。苏民绪害羞，沙拉亲吻了他。

　　实验室，辛蕊找到软盘，被杜守故抢走，辛蕊已经没用了，他想杀掉她。结果，弄断绳索的付君浩救了辛蕊，打翻了装有废液的大桶，引来“黑色黏液”，大家分别逃走。付君浩等人逃出，辛蕊哭泣，自责导致姐姐遇害。付君浩不知所措。此时，阿杰在某处黏液中，奄奄一息。

　　付君浩的安慰辛蕊振作，去找阿杰。苏沙二人也到来。地面上，杜守故等人逃出，杜守故拿到软盘，他打给苏万三让其安排船只马上离岛。苏万三判断出事，决定报警。杜守故刚赶到码头，警方将其一网打尽。

　　地下通道，大家通过阿杰呼救时提到的记号，找到了两人。同时，“黑色黏液”的声音传来，辛蕊冲出。辛蕊和“黑色黏液”消失了，只留下辛蕊包扎伤口的布条。付君浩等人不得不先带着阿杰、沙建逃离。

　　当付君浩等人背着阿杰和沙建来到出口时，变得更强大的“黑色黏液”再次袭来。辛蕊忆起大家对她的关怀和爱，再次冲向“黑色黏液”，一同消失。赶来的警察带着大家脱离险境。两个月后，小镇恢复美好。付君浩又在爆米花摊前遇到了和辛蕊样貌一样的女孩。